ドラゴンクエスト2は、冒険の旅を終えた主人公たちが、自分の故郷に戻ったところから物語が始まります。しかし、その故郷は既に邪悪な魔物に支配されており、村人たちも捕らわれてしまっています。主人公たちが故郷を救うために奮闘すると、神々から指示を受けた神官レミルダールに出会います。彼女からラダトーム王国を救うために、かつて邪悪な魔物と闘った伝説の勇者たちの末裔である救世主であることを告げられた主人公たちは、ドラクエ1の主人公であるアレフガルドの勇者の子孫であることを知ります。
その後、主人公たちは冒険の旅に出て、ラダトーム王国を救うための行動を始めます。旅の途中、様々な街やダンジョンを訪れ、強大な魔物たちや魔王ハーゴンの手下たちと激しい戦いを繰り広げながら、主人公たちはアレフガルドの勇者の使っていた道具や武器を集め、アレフガルドの王に会うためにラダトーム城を目指します。
主人公たちはアレフガルド王と再会し、アレフガルドの王女である主人公の相棒であるマーサの兄でもあるマイラスと共にハーゴンとの決戦に臨みます。最終的に、主人公たちは力を合わせてハーゴンを倒し、ラダトーム王国を救います。そして、主人公たちはアレフガルドの王に褒められ、彼らの冒険は終わりを迎えます。
ドラゴンクエスト2は、ドラクエ1の物語に続きがあり、アレフガルドの勇者の後継者である主人公たちが冒険を通して成長し、自分たちの役割を果たすことでアレフガルドの平和を守るというストーリーが展開されています。また、ドラゴンクエスト1の世界観やキャラクターなどが引き継がれているため、ファンにとっては懐かしくも新鮮な体験をすることができます。
